Hazırlanan ilk iddianame, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi ʹnce 25 Temmuz 2008 ʹde kabul edildi. Mahkeme, 5 Nisan 2012 ʹde ʹ ʹİrtica ile Mücadele EylemPlanı ʹ ʹ davasını, 27 Nisan 2012 ʹde de 225. duruşmasını yaptığı birinci ʹErgenekon ʹ davasını ikinci ʹErgenekon ʹ davasıyla birleştirdi. Sanık beyanları ve dosyadaki belgeler nedeniyle 6 Ocak 2012 ʹde tutuklanan emekli Orgeneral İlker Başbuğ ʹun hakkındaki iddianame de dahil 21 ayrı iddianame birleştirildi. Başbuğ ʹun aralarında bulunduğu çok sayıda ismin ʹhükümeti yıkmaya teşebbüs ve örgüt yöneticiliği ʹ iddiasıyla yargılandığı davada istenen bazı cezalar şöyle:
KİME NE CEZA İSTENDİ
Emekli Orgeneral Şener Eruygur: ʹÖrgütün üst düzey yöneticisi olmak ʹlasuçlandıkları için Danıştay saldırısı ve Cumhuriyet gazetesinin bombalanması eylemlerinden de sorumlu tutulan sanıklardan Eruygur ʹun 3 kez ağırlaştırılmış müebbet ve 142 ile 246 yıl arasında hapis.
Emekli Tuğgeneral Veli Küçük: 6 kez ağırlaştırılmış müebbet
Emekli Orgeneral Hurşit Tolon: Üç kez ağırlaştırılmış müebbet, 129-219 yıl arasında hapis.
Emekli Albay Hasan Atilla Uğur: İki kez ağırlaştırılmış müebbet, 39 - 66 yıl arasında hapis.
Eski milletvekili Turhan Çömez: Ağırlaştırılmış müebbet ve 7.5 ile 15 yıl arasında hapis.
YÖK Eski Başkanı Prof. Dr. Kemal Gürüz: ʹ ʹSilahlı terör örgütü kurma veya yönetme ʹ ʹ ile ʹ ʹdevletin güvenliğine ilişkin gizli belgeleri temin etme ʹ ʹ suçlarından 18,5 ile 35,5 yıl arasında hapis.
MGK Eski Genel Sekreteri emekli Orgeneral Tuncer Kılınç : ʹ25 ile 49 yıl arasında hapis.
Emekli Orgeneral Münür Kemal Yavuz: 12 yıldan 27 yıla kadar hapis.
Özel Harekat Dairesi Eski Başkanvekili İbrahim Şahin: 2 kez ağırlaştırılmış müebbet, 30 ile 61 yıl arasında hapis.
Mehmet Haberal: İki kez ağırlaştırılmış müebbet, 15 yıldan 22,5 yıla kadar hapis.
Profesör Yalçın Küçük: ʹİki kez ağırlaştırılmış müebbet, 15,5 yıldan 27 yıla kadar hapis.
Prof. Dr. Erol Manisalı: ʹ ʹİki kez ağırlaştırılmış müebbet, 8 yıldan 20 yıla kadar hapis.
Yarbay Mustafa Dönmez: İki kez ağırlaştırılmış müebbet, 46,5-91 yıl hapis.,
Emekli yüzbaşı Muzaffer Tekin: İki kez ağırlaştırılmış müebbet, 258-528 yıl hapis.
Sevgi Erenerol: Ağırlaştırılmış müebbet, 238 yıldan 512 yıla kadar hapis ve
Ahmet Tuncay Özkan: İki kez ağırlaştırılmış müebbet, 16-80 yıl hapis.
600 DURUŞMA
İş yoğunluğundan dolayı diğer özel yetkili mahkemelerde yılda ortalama 4duruşma yapılabilirken, ilk duruşması 20 Ekim 2008 yılında görülen davada birleşen dosyalarla birlikte yaklaşık 600 duruşma gerçekleştirildi.
Terör örgütü PKK ʹnın eski yöneticilerinden Şemdin Sakık ʹın gizli tanık ʹDeniz ʹ olduğunu açıkladığı davada, 31 gizli tanığın beyanı alındı. Aralarında eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral Hilmi Özkök, emekli orgeneraller Teoman Koman ve Ergin Saygun, eski MİT mensubu Mehmet Eymür ve Alaattin Çakıcı ʹnın da bulunduğu 130 ʹa yakın tanığın da ifadesine başvuruldu.
İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, 4 yıldır süren ʹErgenekon ʹ ʹdavalarında toplam 64 sanığı tahliye etti.
50 YIL İSTENENLER
İddianamede; Adil Serdar Saçan, Gürbüz Çapan, Emcet Olcaytu, Muzaffer Öztürk, Osman Gürbüz, Hamza Demir, Süleyman Solmaz, Mehmet Ali Çelebi ve Hüseyin Keskin ile tutuksuz sanıklardan Arif Doğan, Ertaç Giray, İlker Güven,Yüksel Dilsiz, Tunç Akkoç, Noyan Çalıkuşu, Muhammed Murat Avar, SiyamiYalçın, Ferda Paksüt, Ufuk Mehmet Büyükçelebi, Mahir Akkar, Levent Temiz, Barbaros Hayrettin Altıntaş, Erol Mütercimler, Emin Şirin, Hakan Şanlı, Halis Yavuz Işıklar, Tanju Güvendiren, Adnan Türkkan, Mesut Özcan, Hüseyin Nazlıkul, Adnan Bulut, Merdan Yanardağ, Murat Ağırel, Selim Utku Gümrükçü, Evrim Baykara, Fatma Sibel Yüksek, Eren Mumcu, Önder Koç, Hasan Hüseyin Uçar, Hatice Bahtiyar ve Ercüment Ovalı ʹnın da 7.5 ile 50 yıl arasında hapisleri isteniyor.